中国人民解放军军事交通学院总共有8个专业。

中国人民解放军军事交通学院本科专业有6个：系统工程、管理工程、装备保障指挥、军事交通指挥与工程、车辆运用工程、汽车指挥。

中国人民解放军军事交通学院其他专业有2个：机械工程及自动化、指挥自动化工程。